Der Einfluss der Substrat-Topographie auf die Morphologie von DPPC und POPE Lipidschichten wurde mittels Rasterkraftmikroskopie untersucht. Das Phasenkontrastbild diente zur Unterscheidung zwischen dem harten Substrat und dem weichen Lipid. Epitaktisch gewachsene SiGe-Schichten sowie ionenbeschossene SiGe- und GaSb-Schichten dienten als Substrate für Lipidabscheidung mittels Spin-Coating. Auf Substraten mit einem großen Höhen- zu Breitenverhältnis ist die Bildung von Lipid-Doppelmembranen schwierig, wohingegen sich die Lipidschichten auf Substraten mit flachen Strukturen sehr gut der strukturierten Substratoberfläche anpassen. Die Oberflächentopographie des Substrates ist gut auf der Oberfläche der Lipidschichten sichtbar. Die Kanten von DPPC Lipidterrassen richten sich an kleinen Gräben (Versetzungslinien) des SiGe-Substrates aus, wenn die Proben hoher Luftfeuchtigkeit bei erhöhten Temperaturen ausgesetzt werden. Laterale Ausrichtung über eine Distanz von 5 Mikrometern sowie Ausrichtung von Kanten auf 75 nm hohen Lipidinseln wurden beobachtet. Bei niedriger Lipidbedeckung dienen die 100 nm x 100 nm Gruben einer nanofacettierten SiGe Schicht, sowie die flachen Mulden einer ionenbeschossenen SiGe Schicht als bevorzugte Stellen für die Abscheidung von Lipid-Doppelmembranen, was zu geordneten POPE-Nanostrukturen auf der Oberfläche führt. Der Kontaktwinkel von Wasser auf strukturierten Substraten reduziert sich von ungefähr 70° auf etwa 50° durch DPPC-Beschichtung.